親が銀行に退職金も含めて5000万円預けています。破綻したときには保護される1000万円以外は本当になくなってしまうのですか？

ペイオフ対策で各銀行に1000万円までとしています。

が、他にも守る方法はある。上記リンク先の情報では、

決済用預金を利用する

全額預金保護の対象となる、決済用預金にお金を預け入れることも選択肢の1つとなります。決済用預金には当座預金や利息のつかない普通預金などがありますが、当座預金は法人や個人事業主向けのため、一般の人であれば普通預金（無利息型）や決済用普通預金と呼ばれる金融商品が選択肢になるでしょう。